آموزش یکی از ارکان اصلی دانشگاه است و نقش موثری در ارتباط با عناصر اصلی آن یعنی استاد و دانشجو دارد. اهم وظایف حوزه معاونت آموزشی اجرای سیاست­های مصوب وزارت علوم، تحقیقات و فنآوری و بخشنامه­ها و آیین­ نامه­های دانشگاه آزاد اسلامی و اجرای مقررات آموزشی و آیین نامه های مورد نیاز، گسترش کیفی و کمی فعالیت­های آموزشی واحد و نظارت بر حسن اجرای فعالیت­های آموزشی دانشکده­ها و مراکز آموزشی دانشگاه جهت ایجاد هماهنگی، وحدت رویه از بدو ورود دانشجو تا فارغ التحصیلی وی می­باشد.

ارائه برنامه های آموزشی و خدمات علمی به دانشجویان و برنامه ریزی دقیق برای رشد و شکوفایی دانشگاه از جمله فعالیت­های حوزه معاونت آموزشی است. دانشجویان در طول دوره تحصیل تا زمان اتمام تحصیلات با آموزش دانشگاه در ارتباط تنگاتنگ می­باشند و هرچه برنامه ریزی در این بخش دقیق باشد تحصیل برای دانشجویان هموارتر است. حوزه معاونت آموزشی در دانشگاه آزاد اسلامی تربت جام با ارتقاء و کنترل کیفیت آموزش از طریق هدایت و فعال نمودن گروه­های آموزشی، بکارگیری استادان مجرب و همچنین بررسی و تبادل نظر در خصوص مسائل و مشکلات آموزشی و ارائه رهنمودهای لازم در جهت بهبود شرایط و رفع موانع آموزشی انجام وظیفه می­نماید.